1.水域生物

(1)魚類

鹽水溪之魚類相有鯉科之台灣馬口魚、鯽魚、日本鯽、鯉魚、羅漢魚、台灣石鮒、粗首鱲。鯰科之鯰魚；棘甲鯰科之琵琶鼠；塘蝨魚科之塘蝨魚；胎魚將魚科之大肚魚；慈鯛科之尼羅口孵魚；鰕虎科之極樂吻鰕虎、短吻紅斑吻鰕虎；鬥魚科之三星鬥魚；鱧科之班鱧，共計9科16種。上游河段以台灣馬口魚較優勢，中游則以粗首鱲較優勢，外來魚種有琵琶鼠，下游則有三星鬥魚、塘蝨魚及琵琶鼠等三種外來魚種。

(2)底棲動物及蝦蟹類

底棲動物有螃蟹12科53種、貝類218種。蝦類相計2科5種，數量與生物量均以粗糙沼蝦最具優勢約佔91％以上。蟹類相計有2科3種。

2.陸域生物

(1)植物

四草為台灣西南沿海重要之濕地，具有極高之生態價值。保護區周圍溝渠縱橫，兩岸長滿紅樹林、包括海茄苳、欖李、五梨跤、土沉香以及其他鹽生性植物。總計本流域植物約有51科169種。

(2)鳥類

本區鳥類曾記錄44科186種，其中包括唐白鷺、白鸛、黑鸛、白琵鷺、黑面琵鷺、松雀鷹、雀鷹、赤腹鷹、鳳頭蒼鷹、灰面鷲、鵟、澤鵟、老鷹、魚鷹、雕頭鷹、遊隼、紅隼、水雉、彩鷸、諾氏鷸、燕鴴、短耳鴞、草鴞、小燕鷗、紅尾伯勞、喜鵲等保育類動物。另外有高蹺鴴在此區繁殖，四草野生動物保護區內有50公頃高蹺鴴保護區。

四草地區之優勢的鳥種，大致上以小型鷸珩科(如東方環頸珩、黑腹濱鷸、紅胸濱鷸)、鷺科(如小白鷺)、雁鴨科(如小水鴨)及鷗科(如黑腹燕鷗)為主。小型鷸珩科因為腳及喙長度的限制及方便警戒的選擇，主要在鹽田、休養中淺水或乾涸的魚塭及河口區退潮露出的潮間帶。鷺科為方便覓食，主要在魚塭區活動。雁鴨科為方便覓食與躲避敵害，主要在棄養水深的魚塭區活動。鷗科會到魚塭、河口或外海覓食，在鹽田區域休息。

保育類動物有唐白鷺、黑面琵鷺、巴鴨、松雀鷹、灰面鷲、澤鵟、灰澤鵟、魚鷹、紅隼、水雉、彩鷸、諾氏鷸、燕鴴、小燕鷗、蒼燕鷗、紅尾伯勞、喜鵲等。

參考資料

※經濟部水利署台灣河川復育網 http://trrn.wra.gov.tw/

※行政院環境保護署全國環境水質監測資訊網 https://wq.epa.gov.tw/

鹽水溪流域位置位於台灣南部，屬亞熱帶氣候，年平均溫度為24℃，相對濕度年平均為78％，年平均雨量約1,650毫米，雨量多集中於每年5月至9月，約佔全年總雨量80%以上，全流域年平均蒸發量約在1,400毫米。

行政院環保署於鹽水溪本流設有豐化橋、永安橋、溪頂寮大橋、鹽水溪橋等4個水質監測站，在支流那拔林溪設有同心橋、千鳥橋測站等2個水質監測站。依據108年全年監測數質，鹽水溪本流豐化橋及永安橋測站在中度至嚴重污染之間；溪頂寮大橋測站呈現中度污染；鹽水溪橋測站在中度至嚴重污染之間，支流那拔林溪同心橋測站及千鳥橋側站在未受污染到中度污染之間。

參考資料

※經濟部水利署台灣河川復育網 http://trrn.wra.gov.tw/

※行政院環境保護署全國環境水質監測資訊網 https://wq.epa.gov.tw/

參考資料

※經濟部水利署台灣河川復育網 http://trrn.wra.gov.tw/

※行政院環境保護署全國環境水質監測資訊網 https://wq.epa.gov.tw/

鹽水溪前身是台江內海，在史前時代就有西拉雅族沿水岸生活，而漢人移民開墾後，台江內海成了台灣政治經濟的中心，因此台南府城的四百年發展歷程中，主要就是沿著台江內海、五條港、鹽水溪(舊稱新港溪)，由此可見鹽水溪在台灣歷史文化發展上的重要性。所以鹽水溪又稱為台南的母親之河。

鹽水溪位於台灣西南部台南市境內，西北鄰善化沿海集水區流域、東界曾文溪流域、南接二仁溪流域、西臨台灣海峽；主流發源於台南市龍崎嶇大坑尾阿里山山脈南部低山地帶，流經台南市龍崎嶇、關廟區、歸仁區、新化區、永康區、新市區及台南市安南區、安平區等地後流入台灣海峽，流域面積約343平方公里，全長約42公里，河床平均坡度降約1/295。

流域內重要支流有那拔林溪及虎頭溪排水；流域跨越台南市共12個鄉鎮市區，上游集水山區屬台南市龍崎區、關廟區、歸仁區、山上區及左鎮區，中下游屬新化區、善化區、新市區、永康區及台南市北區、東區、安南區、安平區等區。

參考資料

※經濟部水利署台灣河川復育網 http://trrn.wra.gov.tw/

※行政院環境保護署全國環境水質監測資訊網 https://wq.epa.gov.tw/